בית הכנסת הוקם כצורך השעה להצלחת יוסף, בתחילה היה זה אוהל, לאחר מכן זכינו לעבור למבנה "בבנייה קלה", על כל מסמר שננעץ התפללנו להצלחתו של יוסף שהיה חלק פעיל במבצע, ורצה בכל מאודו לעזור ולבנות את בית מקדש מעט. לאחר פטירתו של יוסף, הוסב בית הכנסת לעילוי נשמתו, בחסדי שמיים,  החזון שלנו להקים בית ועד לחכמים, שיהיה בית הכנסת ובית מדרש שיאגד בתוכו תורה וחסד ויהיה "מגדלור" שישפיע ויגבש את כל הקהילה בדרום. קירוב לבבות לאבינו שבשמיים, שיעורי תורה סביב השעון.

פנינו לראש העיר נתיבות מר יחיאל זוהר הי"ו וזה עתר לבקשתנו ונתן לנו בית הכנסת ובית המדרש ע"ש בננו יוספי זצ"ל

מבנה בית הכנסת תוכנן על ידי אימו, האדריכלית שרה הילה נעים, בצורת טלית, לזכרו של יוסף שלא נפרד מטליתו גם במותו.